Foi em 1988/89 que o Nacional jogou pela primeira vez a primeira divisão. Escalão onde se manteve por três temporadas, antes de ser despromovido em 1990/91.
Na década de noventa os alvi-negros competiram na segunda divisão. Foram seis campeonatos seguidos, com um novo tropeção; em 1996/97 o Nacional foi jogar a II Divisão B, onde se manteve três temporadas.
Em 2000 subiu para a segunda divisão e duas temporadas depois (2002/2003) subiu ao principal escalão do futebol português.
Durante quinze temporadas, até 2016/17, o Nacional viveu alguns dos melhores anos da sua história, onde chegou a ser o quarto classificado por duas vezes, em 2003/2004 – era treinador Casimiro Mior – e em 2008/09, com Manuel Machado
Na década de glória, o Nacional disputou as competições europeias em três temporadas; 2004/2005, 2006/07 e 2009/2010, época onde chega mesmo à fase de grupos da Liga Europa.
Em 2017/18 volta a ser despromovido, regressando aos grandes na época seguinte e voltando a ser despromovido em 2019/20.
De regresso à Liga Portuguesa de Futebol em 2020/21, o Nacional volta a cair para a II Liga.
Para trás ficaram 20 temporadas no escalão principal , dez na II Liga, onze na II Divisão, quatro na II Divisão B e duas na III Divisão, onde se estreou em 1975/76.
