O valor das liquidações já remetidas pelo fisco a empresas da Zona Franca da Madeira, identificadas como tendo recebido ajudas de Estado ilegais, ascende a 525 milhões de euros, mas deste total apenas 66 milhões foram pagos. Estes números constam do parecer do Tribunal de Contas à Conta Geral do Estado de 2023. Em causa estão ajudas ilegais, detetadas pela Comissão Europeia, num valor global de 839 milhões de euros, relativo a 302 contribuintes, que deu origem a 1.013 liquidações.

Ainda estão por emitir 177 liquidações no valor de 273 milhões de euros. Em dezembro de 2020, a Comissão Europeia concluiu que o regime da Zona Franca da Madeira desrespeitou as regras de ajudas estatais, pois abrangeu empresas que não contribuíram para o desenvolvimento da região, devendo Portugal recuperar os apoios irregularmente prestados, quando o valor é acima dos 200 mil euros.