José Martins Júnior foi também presidente da câmara municipal de Machico, entre 1989 e 1997.
Em 1995 foi agraciado com o grau de Comendador da Ordem de Mérito, pelo presidente da República à época, Mário Soares.
Os deputados do parlamento madeirenses dos diversos grupos parlamentares apoiaram os dois votos de pesar pela morte de Martins Júnior, propostos pelas bancadas do Juntos Pelo Povo (JPP) e PS.
Pelo JPP, Luís Martins falou do padre como “um homem comprometido desde sempre com a verdade”, que ousou “desafiar o poder político e religioso” da Madeira e que lutou por valores como “a verdade, a liberdade e a resiliência”.
O PS, através do líder parlamentar Paulo Cafôfo, defendeu haver um “dever de gratidão e de memória” por uma figura que “foi muito mais que um sacerdote”, considerando que “foi uma voz livre e, por isso, foi tantas vezes uma voz incómoda”, que “viveu para servir” e ajudar “os mais frágeis e os esquecidos”.
Por seu turno, o deputado Miguel Castro, do Chega, disse que “antes de ser padre, Martins Júnior, era um homem”, recordando que também foi pároco no Porto Santo, e desejou o “eterno descanso ao homem, ao padre e político” madeirense.
O eleito único da Iniciativa Liberal (IL), Gonçalo Maia Camelo, referiu-se ao sacerdote como uma “figura incontornável da história recente da Madeira, e em particular de Machico”, opinando que “foi, em certa medida, um liberal”.
Já pelo PSD, Jaime Filipe Ramos declarou que Martins Júnior foi deputado da Assembleia Regional e “merece consideração por esse facto”.
O sacerdote, ordenado em 15 agosto 1962, foi suspenso “a divinis” em julho de 1977 pelo então bispo do Funchal Francisco Santana, mas nunca deixou de prestar serviço religioso.
Martins Júnior dedicou-se desde cedo à política e entrou em rota de colisão com as autoridades eclesiásticas, mas continuou a ter o apoio da população local e realizava os serviços religiosos.
O padre foi suspenso por se ter recusado a entregar a chave da igreja da Ribeira Seca ao bispo Francisco Santana e participou ativamente na vida pública e política regional como presidente da Câmara Municipal de Machico pela UDP (1989) e pelo PS (1993) e como deputado na Assembleia Legislativa da Madeira, tendo sido eleito quatro vezes nas listas da UDP e três nas do PS.
Passados 42 anos, em junho de 2019, o atual bispo do Funchal, Nuno Brás, anunciou a revogação da suspensão e nomeou Martins Júnior administrador paroquial da Ribeira Seca, situação que se manteve até fevereiro de 2023.