A esquadrilha de helicópteros tem como missão principal o aprontamento de destacamentos de helicópteros, unidades operacionais constituídas por 13 elementos, para a operação a partir de fragatas.

No entanto, a missão da esquadrilha de helicópteros não se restringe apenas a este aprontamento, pois, a formação e o treino do pessoal quer da unidade quer da esquadra são peças fundamentais no cumprimento da missão principal.

Ao longo destes 30 anos há alguns momentos a destacar. No embargo de armas à ex-jugoslávia, durante a operação Sharp Guard, a sua primeira missão de empenho operacional, o lynx foi empregue em missões de interdição marítima, realizando a inserção de equipas de vistoria a bordo de navios suspeitos.

O emprego operacional dos lynx continuou e, em 1998 na revolta armada ocorrida na guiné-bissau os destacamentos a bordo da força naval portuguesa participaram nas missões crocodilo e falcão, tendo como papel primordial a execução de operações de evacuação de não combatentes e de manutenção da paz.

Este tipo de missões operacionais repetiu-se mais tarde em 1999 e 2000, desta vez em Timor-Leste, apoiando as tarefas de manutenção da paz no âmbito das missões INTERFET e UNTAET da ONU. Com o aumento das atividades de pirataria na somália, intensificou-se a participação da Marinha Portuguesa nas operações de segurança marítima. Desde 2009 e até 2013 os lynx participaram nas operações Ocean Shield e Atalanta, o que implicou dotar a aeronave com armamento adequado para o efeito, tendo sido adquiridas metralhadoras m3m de 12.7mm.

Desde então os lynx continuam a ser empregues em missões de âmbito NATO, ONU e União Europeia, e em missões de cariz puramente nacional quer integrados em forças militares nacionais quer seja em operações para repressão de ilícitos marítimos em colaboração com outros agentes do estado.

Hoje, e apesar de manter a matriz da luta antissubmarina como enfoque principal, o leque de missões atribuíveis é de tal forma diversificado que abrange tarefas associadas ao conflito convencional e não convencional, à segurança marítima, à salvaguarda da vida humana no mar no contexto de força naval, ao transporte logístico de pessoas e de material, à diplomacia naval e às operações interagência, tornando essencial a existência da unidade que os gera.​

Após 30 anos de existência passaram pela Esquadrilha de Helicópteros mais de 400 militares, que permitiram criar 27 destacamentos de voo, e levaram a cruz de cristo a 113 portos nacionais e estrangeiros, voando mais de 24.000 horas (atingidas 01 junho 2023) em segurança.

Atualmente, a Esquadrilha de Helicópteros é constituída por 100 militares, sendo comandada pelo capitão-de-fragata Hugo Baptista Cabral.