Segundo a Secretaria Regional de Inclusão Social e Cidadania, os motivos para a não homologação das contas também se verificam, na sua exata natureza e dimensão, nas demais instituições nacionais de segurança social, tal como se pode constatar nos pareceres anuais à Conta Geral do Estado, designadamente na parte que se refere à Conta da Segurança Social.
Segundo os mesmos, tal situação decorre duma evidente dependência da adequação dos sistemas de informação da segurança social, nomeadamente dos sistemas de negócio e dos sistemas de informação financeira, que têm âmbito nacional, e sobre os quais este mesmo Instituto não tem competência legal para a sua alteração, sendo esta, competência das instituições de segurança social de âmbito nacional. Cumpre salientar que, a nível nacional, e relativamente a esta mesma matéria, a posição do Tribunal de Contas tem sido a de apresentar recomendações ao Governo da República e às instituições nacionais de segurança social.
