Natural de Câmara de Lobos, Rúben Micael começou a sua carreira nos escalões de formação do Estreito, a que se seguiu o União da Madeira, clube que representou até 2007/2008, ingressando no Nacional na temporada seguinte.
Na segunda metade da época de 2009/2010 transferiu-se para o FC Porto, onde atingiu o apogeu da sua carreira, com a conquista de uma Liga Europa, vencendo ainda dois campeonatos, duas Taças de Portugal e duas Supertaças.
Do FC Porto transferiu-se para o Atlético de Madrid, clube pelo qual nunca chegou a jogar oficialmente, tendo sido emprestado ao Saragoça e depois ao Sporting de Braga, para onde se transferiu definitivamente em 2013/2014, tendo conquistado uma Taça da Liga.
Em 2015 viajou para a China onde representou o Shijiazhuang Ever Bright, de onde foi emprestado aos israelitas do Maccabi Tel Aviv, regressando a Portugal para representar o Paços de Ferreira, a que se seguiu o Vitória de Setúbal e o Nacional, onde atuou nas duas últimas temporadas.
