De acordo com uma nota publicada nas redes sociais, o CD Nacional refere que Emídio Júnior "começou por trabalhar no futebol de formação do clube, integrando o quadro técnico da equipa sénior de futebol em 2012, mantendo-se em funções até 2019, altura em que, por motivos de saúde, foi obrigado a fazer uma interrupção na sua carreira".