"O drone foi abatido mesmo por cima da sede da frota, caiu no telhado e pegou fogo", descreveu Mikhail Razvojaev na rede social Telegram, citado pela agência francesa AFP.
Razvojaev atribuiu o ataque às forças ucranianas, que ainda não reagiram à acusação.
Trata-se do segundo ataque do género contra a sede da frota do Mar Negro em Sevastopol em menos de um mês.
Em 31 de julho, um ataque idêntico provocou cinco feridos e levou ao cancelamento das cerimónias do Dia da Frota Russa, celebrado nesse dia.
A Rússia acusou as forças ucranianas de terem sido responsáveis pelo ataque, mas a Ucrânia negou o seu envolvimento e considerou a alegação como uma provocação.
O incidente de hoje surge no meio de uma série de explosões e ataques contra infraestruturas militares russas na Crimeia, a península ucraniana anexada por Moscovo em 2014.
Na quinta-feira à noite, as forças russas abateram um drone perto de um aeródromo militar em Sevastopol.
Na terça-feira, ocorreram explosões numa base militar e num depósito de munições na Crimeia, que a Rússia descreveu como um ato de sabotagem.
No início do mês, uma explosão de munições destinadas à aviação militar perto do aeródromo militar Saki, na Crimeia, provocou um morto e vários feridos.
As informações sobre a guerra na Ucrânia divulgadas pelas duas partes não podem ser verificadas de imediato de forma independente.
A Rússia invadiu a Ucrânia em 24 de fevereiro deste ano, desencadeando uma guerra que, ao fim de quase seis meses, não tem ainda perspetivas de terminar.
Desconhece-se o número de baixas civis e militares, mas diversas fontes, incluindo a ONU, têm alertado que será elevado.
A guerra provocou também 12 milhões de refugiados e de deslocados internos.