No debate instrutório, em março, a procuradora do Ministério Público sustentou que o despacho deve ser no sentido do "não pronunciamento dos arguidos", porque "os factos não integram nenhuma tipicidade penal".
António Fontes, advogado dos assistentes Gil Canha, Eduardo Welsh e Baltazar Aguiar (ex-dirigentes do extinto partido PND), requereu a abertura da instrução do processo depois de a Procuradoria-Geral da República ter emitido um despacho apontando o arquivamento, em setembro de 2014.
O advogado defendeu que os arguidos deveriam ser pronunciados para, em sede de julgamento, ser apurada ou não a sua culpabilidade.
Os advogados dos arguidos pediram, por seu lado, o arquivamento do processo, que consideraram uma "politização da justiça".
O processo "Cuba Livre" tem sete arguidos e envolve crimes de abuso de poder, violação de execução orçamental e prevaricação com dolo e na forma tentada. Tem por base um inquérito mandado instaurar a 28 de setembro de 2011 pelo então procurador-geral Fernando Pinto Monteiro.
Em investigação estiveram alegadas irregularidades na elaboração e execução dos orçamentos da Madeira na altura da governação do social-democrata Alberto João Jardim, assim como problemas com o reporte dos encargos assumidos e não pagos.
O valor da dívida oculta do arquipélago foi avaliado em cerca de 1.100 milhões de euros.
O valor indicado para dívida pública total da Madeira ascendia a 6,3 mil milhões de euros, uma situação que resultou num programa de ajustamento económico e financeiro celebrado entre os governos regional e central.
A juíza de instrução do caso ouviu em fevereiro o ex-secretário regional do Equipamento Social da Madeira Santos Costa sobre a ocultação de faturas de obras no valor de 1,1 mil milhões de euros.
O ex-chefe de gabinete de Santos Costa e atual diretor regional de Planeamento, Recursos e Gestão de Obras Públicas, Ricardo Reis, foi também ouvido nessa altura.
Alberto João Jardim, que esteve no poder na região durante quase 40 anos, foi ouvido em 2016.
No âmbito desta investigação foram desenvolvidas buscas, com apreensão de material e documentação no edifício da agora extinta Secretaria Regional do Equipamento Social da Madeira.
Foram ouvidas 40 testemunhas e foi constituída uma equipa técnica.
Neste processo já constavam da lista inicial do Ministério Público como arguidos diversos responsáveis do anterior executivo regional liderado por Alberto João Jardim, casos de Amélia Gonçalves (diretora do Gabinete de Gestão e Controlo Orçamental), Dulce Veloz (diretora dos Serviços do Orçamento e Conta), Ricardo Rodrigues (diretor regional do Orçamento) e os ex-secretários regionais do Equipamento Social e do Plano e Finanças, Luis Santos Costa e Ventura Garcês, respetivamente.
Segundo o Departamento Central de Investigação e Ação Penal, Santos Costa detinha uma base de dados secreta na sua secretaria na qual, alegadamente, eram lançadas as faturas de obras que eram ocultadas da contabilidade oficial do então Governo Regional.
