Na votação de ambos os projetos de lei socialista e social-democrata, o BE foi o único partido que votou contra, tendo PS, PSD e CDS-PP votado a favor e PCP, PAN, PEV, Chega e a deputada não inscrita Cristina Rodrigues optado pela abstenção.
A Iniciativa Liberal votou de forma diferente em cada um dos projetos: a favor no do PSD e abstenção no do PS.
Durante o debate que antecedeu a votação, as maiores críticas ao registo internacional de navios da Madeira vieram da bancada do BE que, pela voz do deputado Ricardo Vicente, considerou que este é um mecanismo "opaco", através do qual o "estado português está a pôr a sua bandeira nacional à venda", que é depois colocada em navios que não são controlados e que "podem servir para tudo, até para trafico de armas e de drogas".
Pelo PSD, Sara Madruga da Costa, eleita pela Madeira, abriu o debate, considerando que "o registo internacional de navios é um caso de enorme sucesso", sendo um dos maiores em termos europeus e uma "importante fonte de receita para a Madeira", já que contribuiu para a criação de emprego.
A social-democrata disse no debate que esperava contar "com o apoio da larga maioria dos deputados" para as alterações, apontando que "o sucesso do registo, o sucesso da madeira, é também o sucesso de Portugal".
Da bancada do PS foi Carlos Pereira que apresentou as linhas gerais do projeto, considerando que este debate não é apenas sobre estas alterações, mas "também sobre a capacidade e a vontade do país, do Estado e da Assembleia da República em criar condições para promover regiões que estão afastadas do poder de decisão", para assim "poder criar emprego e riqueza".
Pelo PCP, Alma Rivera começou por referir que o centro internacional de negócio da Madeira "é um logro", mas admitiu que dos três vetores deste, o MAR, o registo internacional de navios da Madeira, "é talvez o polo potencialmente mais válido para a economia regional e para o interesse nacional", apesar de o "regime existente, na prática, não ser as maravilhas que serviram para o justificar".
"Estando em causa uma opção de fundo que não acompanhamos, admitimos que as iniciativas que hoje aqui se discutem possam significar contributos para dinamizar o regime jurídico do MAR. Admitimos que a discussão em especialidade destas propostas possa significar uma melhoria do registo dentro dos seus objetivos", defendeu o PCP.
O BE voltou a pedir a palavra para se referir ao "grave incidente" que aconteceu no final de maio com um navio que tinha bandeira portuguesa e o comandante era alemão, que "não acatou as ordens das autoridades portugueses" e devolveu uma centena de migrantes à Líbia, país considerado inseguro pela Lei Internacional de Resgate de Refugiados no Mar, considerando a deputada Beatriz Gomes Dias que esta situação não é aceitável.
Na resposta, o socialista Carlos Pereira disse que gostaria de ouvir os deputados do BE "a falarem com o mesmo entusiasmo e a mesma paixão" sobre famílias da Madeira dependem do centro internacional de negócio da Madeira como falam dos migrantes, acusando os bloquistas de "ignorância" porque "o que aconteceu com esse navio foi uma ilegalidade".
"Não se coloca em causa um registo desta natureza de forma leviana", atirou.
Pelo BE, Beatriz Gomes Dias garantiu que "a preocupação do BE é idêntica" com ambas as situações, não lhe parecendo "razoável fazer uma simetria entre a preocupação" com os portuguesas e os direitos humanos, deixando claro que "o regime não é a oitava maravilha" que os socialistas pintaram e os seus defeitos não devem ser varridos para debaixo do tapete.
Em 09 de junho, o ministro dos Negócios Estrangeiros português defendeu, numa comissão parlamentar, que devia ser feita uma avaliação para determinar se o registo internacional de navios da Madeira "compensa os riscos" que Portugal assume, como no caso dos migrantes devolvidos à Líbia.
