Francisco, que se encontra no Chile para uma visita de três dias, falava durante um encontro com membros do corpo diplomático e políticos chilenos.
"Aqui não posso deixar de manifestar a dor e a vergonha que sinto perante o dano irreparável causado às crianças por elementos da Igreja”, disse.
As palavras do Papa foram recebidas com aplausos por quase 700 pessoas.
"Quero unir meus irmãos no episcopado, pois é justo pedir perdão e apoiar as vítimas com todas as suas forças, ao mesmo tempo devemos nos esforçar para não nos repetir", disse o papa.
A chegada de Francisco reviveu o escândalo dos sacerdotes que abusaram de crianças, tendo a organização Bishop Accountability publicado esta semana uma lista de 80 sacerdotes, clérigos e uma freira acusados de abusos sexuais de menores no país sul-americano.
O papa aterrou na noite de segunda-feira na capital chilena para uma visita ao país, durante a qual se esperam protestos contra os abusos sexuais realizados por padres e demonstrações de ceticismo face à Igreja Católica Romana.
Esta é a primeira visita do papa a esta nação com 17 milhões de habitantes, desde que assumiu o papado, em 2013.
Acontece numa altura em que muitos chilenos estão descontentes com a decisão de Francisco, tomada em 2015, de nomear um bispo próximo do reverendo Fernando Karadima, que o Vaticano considerou culpado, em 2011, de abusar sexualmente de dezenas de menores ao longo de décadas.
Durante os próximos três dias, Francisco tem previsto celebrar missas em Santiago e nas cidades de Temuco, no sul, e Iquique, no norte. Na quinta-feira, o papa parte para o Peru, para uma visita de três dias.
LUSA