De salientar que, do total da carga contentorizada movimentada na Região Autónoma dos Açores, 60% tem origem ou destino no porto de Lisboa, enquanto que na Região Autónoma da Madeira, esta quota sobre para 88%, posicionando Lisboa como o porto nacional líder neste tráfego.
Entre as mercadorias mais movimentadas, destacamos os produtos destinados ao consumo alimentar, como leite e natas, frutas e legumes e outros preparados alimentares, bem como produtos para transformação como madeiras em bruto.
José Castel-Branco, do Conselho de Administração do Porto de Lisboa, destaca que «durante a pandemia, o volume de carga movimentado com as Regiões Autónomas, com especial relevo no abastecimento alimentar de e produtos relacionados com a saúde, revela a importância estratégica do Porto de Lisboa, não só no continente, como para a Madeira e Açores.»
Este tráfego é efetuado em dois terminais situados na zona oriental do porto de Lisboa, o Terminal Multipurpose de Lisboa (operado pela TSA) e o Terminal de Contentores de Santa Apolónia (operado pela Yilport Sotagus) registando-se, contudo, operações complementares noutros terminais do porto situados na margem sul, no que respeita a outras tipologias de carga, como por exemplo granéis agroalimentares.
Atualmente, operam no porto de Lisboa cinco linhas regulares com regularidade semanal que garantem as ligações entre Lisboa e as Regiões Autónomas, Açoreana (do grupo Bensaúde), Açores Expresso (Transinsular), Madeira Expresso (Transinsular), Tráfego da Madeira (Grupo Sousa), Tráfego dos Açores (Grupo Sousa), tendo totalizado 313 escalas, em 2020.